Bologna ble grunnlagt i 1909 i byen Bologna – en halvstor by i Emila-Romagna-regionen nord i Italia. 3. Oktober 1909 ble klubben grunnlagt, og de røde og blå draktene ble visstnok valgt etter modell fra engelske Crystal Palace. 20. mars 1910 spilte Bologna sin første kamp og vant 9-1 mot Virtus. Interessant å merke seg at bror av Real Madrid-president Santiago Bernabeu, Antonio Bernabeu, spilte for Bologna denne første kampen.

Etter å ha spilt noen år ble Emilio Badini den første Bologna-spilleren som også fikk plass på landslaget. Såvidt vi har brakt på det rene debuterte han 31. august 1920 for Italia under OL, og fikk totalt to landskamper og ett mål. Interessant nok kom debuten mot Norge, og Italia vant 2-1 etter ekstraomganger. Badini scoret seiersmålet i den første ekstraomgangen.

Når man snakker om italienske storlag er det ofte Juventus, Inter og Milan som nevnes. De fleste ser ut til å vite at både Genoa og Torino også har en historie som er verdt å huske, mens Bologna nok ikke er i nærheten av samme status. Likevel har Bologna sju seriemesterskap. Som med Genoa er mange av dem langt tilbake i tid; det nest siste kom i 1941. Det siste i 1964. Det er altså ikke et lag med noe storlag i nær fortid. To av seriemesterskapene kom på 20-tallet, tre på 30-tallet, ett på 40-tallet og det siste altså i 1964. Det siste seriemesterskapet kom forøvrig etter omkamp mot Inter på grunn av poenglikhet. Bologna vant kampen, som ble spilt på nøytral bane i Roma, 2-0. Sesongen i seg selv var dramatisk nok, etter at fem Bologna-spillere først ble tatt i doping – og Bologna ble fratatt poeng. Etterhvert ble dommen opphevet fordi det var feil med prøver, og det endte med poenglikhet. Dette er den eneste gangen et seriemesterskap er avgjort ved omkamp.

1992/1993 rykket klubben ned til Serie C1 – etter å ha havnet på 18. av 20 mulige plasser i Serie B. De klarte ikke opprykket til Serie B sesongen etter, men året etter tok man førsteplassen i Serie C1 – avdeling A. Med overbevisende 81 poeng var man fullstendig overlegne. Mannen ved roret? Renzo Ulivieri – som året etter tok Bologna til topps i Serie B, og dermed tilbake til Serie A. Sesongen 96/97, den første i Serie A på noen år, endte med en akseptabel sjuendeplass. Året etter ankom en levende legende klubben: Roberto Baggio. 22 mål i sin første sesong i klubben, og klubben havnet nok en gang på øverste halvdel.

Bologna etablerte seg som et lag midt på tabellen frem til 2004/2005, hvor laget rykket ned etter to spennende playoffkamper mot Parma.  Foran sesongen 2008/2009 rykket laget opp igjen til Serie A.

Lagets president er Francesca Menarini, Italias andre kvinnelige klubbpresident på øverste nivå.